Das hervorragende Ergebnis des neuen Toyota Yaris resultiert aus den besonderen Leistungen der Ingenieure, denn die kompakte Karosserie und der extrem kurze vordere Überhang stellten die Sicherheitsfachleute vor große Herausforderungen. Die Fünf-Sterne-Wertung ist somit auch eine Bestätigung der Toyota Philosophie, den Fahrerinnen und Fahrern der Marke das jeweils höchstmögliche Niveau passiver Sicherheit zu bieten. 

Zur serienmäßigen Sicherheitsausstattung des neuen Yaris zählen unter anderem Front- und Seitenairbags für Fahrer und Beifahrer sowie durchgehende Kopfairbags auf beiden Seiten und - erstmals in diesem Segment - ein Fahrer-Knieairbag. Die Sicherheitsgurte der Vordersitze sind mit Gurtstraffern, Gurtkraftbegrenzern und akustischem Gurtwarnsystem ausgerüstet. Auf den äußeren Sitzplätzen im Fond sind serienmäßig ISOFIX-Kindersitzbefestigungen installiert. Das Antiblockiersystem mit elektronischer Bremskraftverteilung und Bremsassistent sowie die Fahrdynamikregelung VSC (bis auf Einstiegsversion) runden die umfangreiche Sicherheitsausstattung ab. 

Mit der jüngsten Fünf-Sterne-Wertung für den neuen Yaris im Erwachsenenschutz setzt Toyota seine Serie erfolgreicher Euro NCAP-Resultate fort. Zuvor waren bereits die Modelle Avensis, Corolla Verso sowie der Hybrid-angetriebene Prius für ihr hohes Sicherheitsniveau mit jeweils fünf Sternen ausgezeichnet worden.